Комодо присылает архив такой структуры

Linux/

Root Certificates/

Windows/

*_your_domaine_ua.crt

И *_your_domaine_ua.key в теле письма

Чтоб создать цепочку для nginx объединяем *_your_domaine_ua.crt и *_your_domaine_ua.ca-bundle с папки Linux

Толи это у меня с кодировкой что-то толи это у Комодо но через cat  *_your_domaine_ua.crt  *_your_domaine_ua.ca-bundle >  *_your_domaine.crt объединялось не правильно

Делаем через текстовый редактор, первым ставим *_your_domaine_ua.crt ниже *_your_domaine_ua.ca-bundle и сохраняем например *_your_domaine_ua_ssl.crt

Проверяем

openssl x509 -in *_your_domaine_ua_ssl.crt -noout -text -purpose

если все правильно команда выведет всю информацию о сертификате

загружаем на сервер

scp *_your_domaine_ua_ssl.crt  *_your_domaine_ua.key root@your_domaine.ua:/etc/nginx/ssl/

И соответственно прописываем в конфиге сайта

ssl_certificate        /etc/nginx/ssl/*_your_domaine_ua_ssl.crt;
ssl_certificate_key         /etc/nginx/ssl/*_your_domaine_ua.key;

Проверяем и применяем

nginx -t

systemctl restart nginx